安装完基本套件后，当开发者需要使用基本套件以外的其他套件时，会需要安装套件，若不需要某个套件时，就会想要移除套件，若套件版本过於老旧，则需要升级套件，也就是說开发者需要一套PEAR套件的管理系统。
在Windows作业系统下的套件安装与管理可以有两种方式，一种是使用Web的管理介面，另一种足使用「套件指令」。笔者较为推荐后者，因为执行的速度较快，但若您对指令有畏惧感，也可以用第一种来轻松管理套件。
用web介面管理套件
Web的套件管理在上一个单元安装基本套件时．就已经顺便安装好了。上一个单元中安装完PEAR基本套件的画面，在最下方会出现Start Web Rrontend of the PEAR instoller>>这个连结，点选后即可进入套件管理的Web介面，如下图：
管理介面网页档的所在位置，就是上一个单元的第9个设定项Filename of WebFrontend，我使用的范例是设为c :AppServ＼www＼pearindex.PHP，记得将它加入我的最爱。另外，先前的pear.PHP挡可以刪除了。
请注意上图画面的上方有3个连结，所代表的意义分別是显示已安装套件(list installed packages) 、显示所有套件(list all packages)、显示尚未安装套件(list not installed packages)。
一进入套件管理Web介面时出现的是显示已安装套件的画面，画面中有套件名称，套件功能的概略敘述与套件的版本编号，Local代表目前安装版本的编号，Latest代表PEAR官网上的最新版本的编号。
若目前安装的不是最新版本时，会出现一个upgrade的图案，按下图案即可升级套件，版本编号旁的回收筒图案若按下，会将套件移除，请大家特別注意。
接著我们进入显示尚未安装套件画面
与显示已安装套件的画面大同小異，比较下同的是沒有了垃圾桶图案，取旧代之是一个╂图案，意思是使用者只要按下图案即可安装该套件。
安装失败? 使用者安装时有时会出现该怎麼办呢?
通常会安装失败问题大多出在套件的「相依性」，何谓「相依性」? 简单的說就是有些套件需要先安装其他套件才可使用，所以安装此套件前须先安装相依的套件，大家可点选画面中的回收筒图案，可观看套件的详细讯息，其中会提到与套件相依的其它套件。如下图：
例如：上图中，笔者安装Cache套件前，点选（!+ ）图案，观看套件的详细资讯时，在最下面的Packages that depend on Cache中发现Net_Dict、Image Graph等5个套件与Cache套件相依，所以须先安装cache套件才可安装这5个套件。否则，直接安装这些套件会出现”安装失败”的讯息视窗。
套件的管理利用Web界面实在是简单又方便，但速度稍嫌缓慢，而且Web的使用者必须对放置套件的资料夹(本范例为c:AppServ＼PHP＼PEAR)具有写入的权限。
笔者推荐用另一种管理方法，推荐的理由是因为它下载套件更快速，管理功能更強大，但缺点是需要打指令。
用指令管理PEAR套件
首先，与上一个方法一樣需先用pear.PHP网页来安装完基本套件，虽然安装后已有Web的套件管理介面可用，可是请使用者备而不用，接著到桌面的我的电脑图案，按下右键，出现选单，请选择「内容」，会跳出系统内容视窗，在第4个名为进阶的标签中点选环境变数按钮，如下图：
出现璟境变数视窗，请点选下方系统变数窗格中的Path，按编辑钮，会出现编辑系统变数视窗，请在变数值栏位最后加上“;C:AppServ＼PHP”，请注意，“C:”前须有一个分号(“；”)喔，编辑完按确定钮关闭视窗，如下图：
只要完成这个步骤，就可以使用指令来管理PEAR套件了。
我们来做个测试好了，请选择「开始/所有程式(程式集)/附属应用程式/命令提示字元」。在 > 后输入：
这个指令后按下键盘上的Enter键，将会出现所有PEAR管理指令与說明，如下画面：
注意：PEAR指令在Windows系统中使用大写和小写皆可
我接著根据上图的說明，试验一下其他指令。例如若要显示所有已安装套件，只要输入“pear list”即可，画面将会出现目前已安装套件的名称、套件编号、套件状态
指令失效？别急，若发现指令失效，只要到C:WINDOWS下找到PHP.ini档并用任何一中文字编辑器将它打开，将原本的“register_argc_argv=OFF”改为“register_argc_argv=ON”，存档后，将命令提示字元视窗关闭后重开，即可以无障碍地使用PEAR指令了。
就可以进行安装，请注意，套件名称使用大小写都可以，若套件状态为stable版则不用输入套件编号，例如：笔者要安装benchmark套件，只要输入
当最后一行出现“install ok：Benchmark 1.2.1”即代表安装成功。
但若安装时出现相依性的问题而安装失败时，该怎麼办呢? 例如笔者安装Html_QuickForm套件时．出现需要先安装Html_Common套件的讯息，所以我只好再输入“pear install html_common”．这个指令，终於出现“install ok”的字樣了。
接著再安装Html_QuickForm套件，如下图，即可大功告成
若您安装的是Beta或Alpha版也就是试用版的套件，请在pear install后输入完整的套件版本号码。例如，若您要安装liveuser这个套件，但这个套件目前並沒有释出stable版，那麼您需要使用以下指令：
也就是套件名称后面必须加上套件的版本编号，大家又会问，我怎麼会知道套件的版本编号呢?这就请查询PEAR官方网站了。若安装的套件不是Stable版卻沒有填写套件编号，安装时会出现”安装非Stable版”的错误讯息，並停止安装。
介绍您一个偷懒的好方法：若您一定要安装某个套件，不管它足stable版还是beta版，这时候可以使用一个指令：
例如，同樣想安装liveuser套件，卻懒得去查版本编号，那就使用这樣的指令吧
指令中的“-f”代表強迫的意思「force」，就是不管如何都要安装就对了。
用指令移除PEAR套件
移除套件比安装简单多了，只要输入：
这樣的指令即可，如下图：假设我将移除名为benchmark套件，如下图：
最后出现“uninstall ok”代表移除套件成功了，移除套件的失败机率很低，请大家放心。
用指令升级PEAR套件
套件会有新的版本不停的释出，若要将旧套件升级成新套件也非常简单，只需要输入指令：
即可，例如：笔者若要升级名为cache的套件，只要输入：
就可以了。升级的过程与安装套件一樣，有时会出现相依性的问题而升级失败，此时只要先安装相依套件就可以了
其它指令较少用到，我在这里不再介绍了，请大家自行观看。只要在命令提示字元视窗中输入pear指令后，就会出现指令的說明。
修改PHP.ini档
这是PEAR使用前最后的工作了，不管您用Web介面，还足用指令来管理套件，都需要修改PHP.ini档。这个档放在C:WINDOWS目錄下，请用文字编辑器将它打开加入一行字如下:
加入后，记得存档，並将Apache重新执行，这樣就可以了。大家应该看的出来，include_path的值就是下载並安装PEAR套件的所在路径，但是，为何要加入此行呢?笔者下一章会加以說明。
我们来检视一下加入这一行是否让设定值改变了。请您在c:AppServ＼www中建立一个档案，名为PHPinfo.PHP，档案内只写入一行：
接着在浏览器输入http;//127.0.0.1/PHPinfo.PHP或http;//localhost/PHPinfo.PHP
另外，我还建议，将PHP.ini档中的allowcall_time_passreference设定项的值改为On，原因我会在第6章做解释。
若一切动作沒有错误，出现的画面如上图，那么，就准备享受PEAR所带来的倍增PHP功力的絕佳体验吧。