我在String变量中有一个Rscript,我想从Java程序执行它并将一些变量传递给它.如果我独立执行该R脚本,它可以正常工作.我通过使用Python程序将所有R脚本转换为一行,如下所示：
import json
jsonstr = json.dumps({"script": """\
#!/usr/bin/Rscript
# read the data file
library('jsonlite')
library('rpart')
args <- as.list(Sys.getenv(c(
"path","client_users")))
if (args[["path"]]==""){
args[["path"]] <- "."
}
# other stuff here
# other stuff here
"""})
print jsonstr
我使用打印出来的字符串并将其存储在String变量中,然后我执行下面的代码,它根本不起作用.我将path和client_users变量传递给上面的R脚本.
public static void main(String[] args) throws IOException,InterruptedException {
// this is your script in a string
// String script = "#!/bin/bash\n\necho \"Hello World\"\n\n readonly PARAM1=$param1\n echo $PARAM1\n\nreadonly PARAM2=$param2\n echo $PARAM2\n\n";
String script = "above R Script here";
List上面的代码适用于bash shell脚本.我需要为R脚本做些什么特别的事吗？我将对bash脚本和R脚本使用相同的代码.
这是我得到的错误：
/bin/bash: line 7: -: No such file or directory /bin/bash: line 10: Syntax error near unexpected token `'jsonlite'' /bin/bash: line 10: `library('jsonlite')'
如果我删除commandList.add(“/ bin / bash”);并添加commandList.add(“/ bin / Rscript”);然后我看到下面的错误：
Cannot run program "/bin/Rscript": error=2,No such file or directory
更新： –
我没有使用上面的脚本,而是决定在r中使用简单的打印地狱脚本来查看是否可以通过Java执行它.
// this will print hello
String script = "#!/usr/bin/env Rscript\nsayHello <- function(){\n print('hello')\n}\n\nsayHello()\n";
当我用commandList.add(“/ bin / bash”);执行此脚本时,我收到此错误：
/bin/bash: line 2: Syntax error near unexpected token `('
/bin/bash: line 2: `sayHello <- function(){'
但是,如果我使用此commandList.add(“/ bin / sh”);执行,我收到此错误：
/bin/sh: 2: Syntax error: "(" unexpected
最佳答案
您必须直接运行/usr/bin/Rscript.此外,此程序不读取标准输入中的脚本(您必须指定脚本的路径作为Rscript的参数),因此您必须：
>创建临时文件
>编写脚本
>使用Rscript执行脚本
>删除你的临时文件(作为一个很好的编程实践)
例如,这是一个POC：
public static void main(String[] args) throws IOException,InterruptedException {
// Your script
String script = "#!/usr/bin/env Rscript\n" +
"\n" +
"sayHello <- function() {\n" +
" print('hello')\n" +
"}\n" +
"\n" +
"sayHello()\n";
// create a temp file and write your script to it
File tempScript = File.createTempFile("test_r_scripts_","");
try(OutputStream output = new FileOutputStream(tempScript)) {
output.write(script.getBytes());
}
// build the process object and start it
List作为替代方案,如果您的脚本有第一行“shebang”,您可以执行以下更改：
>将其可执行属性设置为“true”
>使用临时文件的路径作为commandList中的第一个元素(即删除commandList.add(“/usr/bin/Rscript”);)
...
// create a temp file and write your script to it
File tempScript = File.createTempFile("test_r_scripts_","");
tempScript.setExecutable(true);
try(OutputStream output = new FileOutputStream(tempScript)) {
output.write(script.getBytes());
}
// build the process object and start it
List