FTP协议中没有API来解压缩服务器上的文件.

但是,除了FTP访问之外,还有一个SSH访问权限并不罕见.如果是这种情况,您可以连接SSH并在服务器上执行unzip shell命令(或类似命令)来解压缩文件.
见C# send a simple SSH command.

如果需要,您可以使用FTP协议下载提取的文件(虽然如果您具有SSH访问权限,您也将拥有SFTP访问权限.然后,使用SFTP而不是FTP.).

一些(极少数)FTP服务器提供API以使用SITE EXEC命令(或类似命令)执行任意shell(或其他)命令.但这真的非常罕见.您可以像上面的SSH一样使用此API.