安装ImageJ

方法一

sudo apt-get install imagej
whereis imagej
imagej -version

方法二

下载 Linux版本的 imagej
安装 Instructions

cd /home
mkdir imagej
cp ij150-linux64-java8.zip /home/imagej
unzip ij150-linux64-java8.zip

建立软连接，可以在终端直接打开imagej

ln -s /home/imagej/imagej-linux64 /usr/bin/imagej
whereis imagej
imagej  // 可直接打开imagej

安装Fiji
因为Ubuntu中安装的imagej中缺少很多的Plugin，导致经常出现如下错误

而Fiji自带很多的Plugin。
可查看 http://stackoverflow.com/questions/25865762/problems-with-an-imagej-plugin

下载 Fiji

cd /home
mkdir Fiji
cp fiji-linux64.zip /home/Fiji/
unzip fiji-linux64.zip

建立软连接，可以在终端直接打开imagej

ln -s /home/Fiji/imagej-linux64 /usr/bin/imagej
whereis imagej
imagej //可直接打开 Fiji，（Fiji is just ImageJ）

References

https://imagej.nih.gov/ij/download.html

https://imagej.nih.gov/ij/docs/install/linux.html

http://fiji.sc/#download

https://wiki.ubuntuusers.de/Fiji/

http://stackoverflow.com/questions/25865762/problems-with-an-imagej-plugin