1.区别
pip用来安装来自PyPI（https://www.python.org/）的python所有的依赖包，并且可以选择安装任何在PyPI上已上传的先前版本的依赖包，个人认为是python相关的包和第三方包以及各种版本；

apt-get可以用来安装软件、更新源、也可以用来更新自Ubuntu（https://launchpad.net/ubuntu）的典型依赖包，典型安装即意味着它只是安装（最新发布的，或最近一个的）单一版本，并且我们不能决定我们要安装的依赖包的版本或选择它之前的版本。
个人认为还是很好区分的：毕竟一个是更新系统级别包，一个是更新一种编程语言级别包（库）。

2.使用
情况是这样的，如果你需要最新版本的python依赖包，你可以直接使用apt-get,在项目突然需要使用旧版本的依赖包时，你就可以使用virtualenvwrapper和pip来使完美得再安装上一个旧版本的依赖包；
你可以根据你的喜好选择你喜欢的安装方式。但是，如果你需要安装python包的特定版本，或在virtualenvwrapper中安装包，或安装只托管PyPI上一个包，此时只有pip会帮你解决这个问题了。否则，如果你不介意安装在系统范围的位置使用apt-get或pip都是ok的；

3.安装及应用
apt-get是可以直接使用的，格式为

$ sudo apt-get install/delete package
$ sudo apt-get -f install #修复安装
$ sudo apt-get dist-upgrade #升级系统
$ sudo apt-get upgrade #更新已安装的包
$ apt-get source package #下载该包的源代码
$ sudo apt-get build-dep package #安装相关的编译环境
$ sudo apt-get clean && sudo apt-get autoclean #清理无用的包

pip需要安装才能使用，配合virtualenvwrapper会锦上添花。安装过程如下（适用Ubuntu 10.10及以上版本），使用格式为：pip install package。

$ sudo apt-get install python-pip python-dev build-essential
$ sudo pip install --upgrade pip
$ sudo pip install --upgrade virtualenv

为Linux配置apt-get的更新源：http://www.linuxdiyf.com/linux/12073.html

Ubuntu 15.04下apt-get安装JDK：http://www.linuxdiyf.com/linux/11669.html

安装软件包方式：sudo apt-get和sudo tasksel有何不同：http://www.linuxdiyf.com/linux/9933.html

使用apt-fast代替apt-get大幅度提升下载速度：http://www.linuxdiyf.com/linux/9905.html

apt-get和apt-cache命令实例展示：http://www.linuxdiyf.com/linux/8765.html