第一步
如果你的服务器上安装的PHP版本<= 5.6,就更新至PHP5.6。
Ubuntu:

sudo add-apt-repository ppa:ondrej/PHP5-5.6 -y
sudo apt-get update
sudo apt-get install PHP5-fpm -y

Debian Wheezy：

echo "deb http://packages.dotdeb.org wheezy-PHP56 all" >> /etc/apt/sources.list.d/dotdeb.list
echo "deb-src http://packages.dotdeb.org wheezy-PHP56 all" >> /etc/apt/sources.list.d/dotdeb.list
wget http://www.dotdeb.org/dotdeb.gpg -O- | apt-key add - 
apt-get update
apt-get install PHP5-fpm

第二步、安装xdebug

sudo apt-get install PHP-pear
sudo apt-get install PHP5-dev
sudo pecl install xdebug

第三步、配置xdebug

zend_extension="/usr/lib/PHP5/20131226[自己的路径]/xdebug.so"
xdebug.remote_enable=on
xdebug.remote_handler=dbgp
xdebug.remote_host=你的本地主机IP
xdebug.remote_port=9000
xdebug.idekey=PHPStorm
xdebug.remote_autostart=1

参考：
https://www.jiloc.com/41977.html
http://www.linuxidc.com/Linux/2011-09/43031p2.htm