多核和内存使用在R下Ubuntu

我在一个Ubuntu工作站上运行R，有8个虚拟核心和8Gb的RAM。我希望常规使用多核软件包来并行使用8个核心;然而我发现整个R过程变成8倍重复。
由于R实际上似乎比gc中报告的内存使用更多的内存(通过因子5，甚至在gc()之后)，这意味着即使相对温和的内存使用(一个200Mb对象)也变得难以处理的内存一次重复8次。
我调查了bigmemory让子进程共享相同的内存空间;但它需要一些重大的我的代码，因为它不处理数据帧。

有没有办法使R尽可能精简，然后分叉，即让操作系统尽可能多的内存回收？

编辑：
我想我明白现在发生了什么。问题不是我认为是 – 在父线程中存在的对象，并且不操作的对象不会重复八次。相反，我的问题，我相信，来自我使每个孩子过程执行的操纵的性质。每个都必须操纵一个大的因素与几十万的水平，我认为这是记忆大的位。结果，确实是总的存储器负载与核的数量成比例的情况;但不像我想象的那么显着。
我得到的另一个教训是，对于4个物理内核，超线程的可能性，超线程实际上对于R来说通常不是一个好主意。增益是最小的，并且内存成本可能是不平凡的。所以我从现在开始工作在4核。

对于那些想要实验的人，这是我运行的代码类型：

# Create data
sampdata <- data.frame(id = 1:1000000)
for (letter in letters) {
sampdata[,letter] <- rnorm(1000000)
}
sampdata$groupid = ceiling(sampdata$id/2)

# Enable multicore
library(multicore)
options(cores=4) # number of cores to distribute the job to

# Actual job
system.time(do.call("cbind",mclapply(subset(sampdata,select = c(a:z)),function(x) tapply(x,sampdata$groupid,sum))
))

你试过 data.table吗？

> system.time(ans1 <- do.call("cbind",lapply(subset(sampdata,select=c(a:z)),function(x)tapply(x,sum))
))
   user  system elapsed 
906.157  13.965 928.645 

> require(data.table)
> DT = as.data.table(sampdata)
> setkey(DT,groupid)
> system.time(ans2 <- DT[,lapply(.SD,sum),by=groupid])
   user  system elapsed 
186.920   1.056 191.582                # 4.8 times faster

> # massage minor diffs in results...
> ans2$groupid=NULL
> ans2=as.matrix(ans2)
> colnames(ans2)=letters
> rownames(ans1)=NULL

> identical(ans1,ans2)
[1] TRUE

你的例子很有趣。它是相当大(200MB)，有很多组(50万)，每组非常小(2行)。 191s可以改进很多，但至少它是一个开始。 [2011年3月]

现在，这个成语(即lapply(.SD，…))已经改进了很多。与v1.8.2，在一个更快的计算机比上面的测试，和最新版本的R等，这里是更新的比较：

sampdata <- data.frame(id = 1:1000000)
for (letter in letters) sampdata[,letter] <- rnorm(1000000)
sampdata$groupid = ceiling(sampdata$id/2)
dim(sampdata)
# [1] 1000000      28
system.time(ans1 <- do.call("cbind",function(x)
    tapply(x,sum))
))
#   user  system elapsed
# 224.57    3.62  228.54
DT = as.data.table(sampdata)
setkey(DT,groupid)
system.time(ans2 <- DT[,by=groupid])
#   user  system elapsed
#  11.23    0.01   11.24                # 20 times faster

# massage minor diffs in results...
ans2[,groupid:=NULL]
ans2[,id:=NULL]
ans2=as.matrix(ans2)
rownames(ans1)=NULL

identical(ans1,ans2)
# [1] TRUE

sessionInfo()
R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United Kingdom.1252   LC_CTYPE=English_United Kingdom.1252
[3] LC_MONETARY=English_United Kingdom.1252  LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=English_United Kingdom.1252

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
[1] data.table_1.8.2 RODBC_1.3-6

原文链接：https://www.f2er.com/ubuntu/350314.html

多核和内存使用在R下Ubuntu

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