这是因为.NET Framework 4.0中把版本号全部统一成4.0了，而这个sqlite provider是.NET 2.0的。

解决方法是在app.config的configuration节点下加入以下节点：

<startupuseLegacyV2RuntimeActivationPolicy="true">
<supportedRuntimeversion="v4.0"sku=".NETFramework,Version=v4.0"/></startup>

我的原来是这样的

<startup>
<supportedRuntimeversion="v4.0"sku=".NETFramework,Version=v4.0"/></startup>

以下是网上找的资料，比较详细的分析（http://www.poluoluo.com/jzxy/201305/207264.html）

查阅了相关资料，stackoverflow.com上建议在config文件中增加配置：

<startup useLegacyV2RuntimeActivationPolicy="true">
<supportedRuntime version="v4.0"/>
</startup>

MSDN上也对此方法进行了阐述，参见http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bbx34a2h(VS.100).aspx

但是使用此方法编译后问题仍然没有解决，但是问题可以明确锁定为.net runtime环境的问题了。

<requiredRuntime version="v4.0.30319" />
</startup>

再次运行，问题解决。这下需要了解是什么原因造成的？
supportedRuntime标签用来 具体说明应用程序支持的是哪个.framework运行时的版本；
requiredRuntime标签用来 具体说明应用程序只支持1.0版本的公用语言运行时间。如果使用1.1版本或者后面的版本来编译，应用程序必须使用<supportedRuntime>元素；
注意：
<supportedRuntime>必须通过1.1版本或后面的版本而编译的应用程序来使用。只支持1.0版本的运行时间的应用程序必须使用<requiredRuntime>。

再次查阅CLR Runtime版本的相关资料，引用以下CLR运行规则和各版本间关系汇总表格，如下：
规则：
1. CLR4.0及以上版本编译的应用程序总是运行在应用程序所被编译的CLR版本上；
2. CLR4.0以下版本编译的应用程序优先运行在被编译的CLR版本上，如果此版本不存在，则运行最新的小于CLR4.0的版本；
汇总如下：

至此我们就能很清楚的搞清各个CLR版本之间的联系了。

总结：微软每次版本升级都会造成一些新的问题的出现，早年从CLRv1.0到CLRv2.0曾经也造成很多的困惑，可能也是由于过大的组织造成不能面面俱到吧，希望在今后的版本升级中能真正做到无缝的版本联接。