我使用pythons内置的sqlite3模块来访问数据库.我的查询执行150000个条目的表和40000个条目的表之间的连接,结果再次包含大约150000个条目.如果我在
SQLite Manager中执行查询需要几秒钟,但如果我从python执行相同的查询,它在一分钟后就没有完成.这是我使用的代码：
cursor = self._connection.cursor()
annotationList = cursor.execute("SELECT PrimaryId,GOId " +
"FROM Proteins,Annotations " +
"WHERE Proteins.Id = Annotations.ProteinId")
annotations = defaultdict(list)
for protein,goterm in annotationList:
annotations[protein].append(goterm)
我做了胎儿只是为了衡量执行时间.有没有人对性能的巨大差异有解释？我在Mac OS X 10.6.4上使用Python 2.6.1.
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我手动实现了连接,这样可以更快地完成.代码如下所示：
cursor = self._connection.cursor()
proteinList = cursor.execute("SELECT Id,PrimaryId FROM Proteins ").fetchall()
annotationList = cursor.execute("SELECT ProteinId,GOId FROM Annotations").fetchall()
proteins = dict(proteinList)
annotations = defaultdict(list)
for protein,goterm in annotationList:
annotations[proteins[protein]].append(goterm)
因此,当我自己获取表格然后在python中进行连接时,大约需要2秒钟.上面的代码需要永远.我在这里错过了什么吗？
第二次编辑
我现在尝试使用apsw,它工作得很好(代码根本不需要改变),性能很棒.我仍然想知道为什么这对sqlite3模块这么慢.
