要处理一些.dcm格式的焊接缺陷图像,需要读取和显示.dcm格式的图像。通过搜集资料收集到一些医学影像,并通过pydicom模块查看.dcm格式文件。
若要查看dcm格式文件,可下Echo viewer 进行查看。
若用过pycharm进行处理,可选用如下的代码:
# -*-coding:utf-8-*- import cv2 import numpy import dicom from matplotlib import pyplot as plt dcm = dicom.read_file("dcm") dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept slices = [] slices.append(dcm) img = slices[int(len(slices) / 2)].image.copy() ret,img = cv2.threshold(img,90,3071,cv2.THRESH_BINARY) img = numpy.uint8(img) im2,contours,_ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE) mask = numpy.zeros(img.shape,numpy.uint8) for contour in contours: cv2.fillPoly(mask,[contour],255) img[(mask > 0)] = 255 kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2)) img = cv2.morphologyEx(img,cv2.MORPH_OPEN,kernel) img2 = slices[int(len(slices) / 2)].image.copy() img2[(img == 0)] = -2000 plt.figure(figsize=(12,12)) plt.subplot(131) plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image,'gray') plt.title('Original') plt.subplot(132) plt.imshow(img,'gray') plt.title('Mask') plt.subplot(133) plt.imshow(img2,'gray') plt.title('Result') plt.show()
也可用如下代码:
import pydicom import os import numpy from matplotlib import pyplot,cm # 用lstFilesDCM作为存放DICOM files的列表 PathDicom = "dicom/2" #与python文件同一个目录下的文件夹 lstFilesDCM = [] for dirName,subdirList,fileList in os.walk(PathDicom): for filename in fileList: if ".dcm" in filename.lower(): #判断文件是否为dicom文件 print(filename) lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName,filename)) # 加入到列表中 ## 将第一张图片作为参考图 RefDs = pydicom.read_file(lstFilesDCM[0]) #读取第一张dicom图片 # 建立三维数组 ConstPixelDims = (int(RefDs.Rows),int(RefDs.Columns),len(lstFilesDCM)) # 得到spacing值 (mm为单位) ConstPixelSpacing = (float(RefDs.PixelSpacing[0]),float(RefDs.PixelSpacing[1]),float(RefDs.SliceThickness)) # 三维数据 x = numpy.arange(0.0,(ConstPixelDims[0]+1)*ConstPixelSpacing[0],ConstPixelSpacing[0]) # 0到(第一个维数加一*像素间的间隔),步长为constpixelSpacing y = numpy.arange(0.0,(ConstPixelDims[1]+1)*ConstPixelSpacing[1],ConstPixelSpacing[1]) # z = numpy.arange(0.0,(ConstPixelDims[2]+1)*ConstPixelSpacing[2],ConstPixelSpacing[2]) # ArrayDicom = numpy.zeros(ConstPixelDims,dtype=RefDs.pixel_array.dtype) for filenameDCM in lstFilesDCM: ds = pydicom.read_file(filenameDCM) ArrayDicom[:,:,lstFilesDCM.index(filenameDCM)] = ds.pixel_array # 轴状面显示 pyplot.figure(dpi=300) pyplot.axes().set_aspect('equal','datalim') pyplot.set_cmap(pyplot.gray()) pyplot.pcolormesh(x,y,numpy.flipud(ArrayDicom[:,2])) # 第三个维度表示现在展示的是第几层 pyplot.show()
这两个代码都是可以进行读取的。但是不知道为什么在焊接检测中的dcm图像却无法进行读取。
以上这篇.dcm格式文件软件读取及python处理详解就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持我们。