我希望运行一个简单的Shell脚本来简化某些conda环境的管理.通过Linux操作系统中的conda激活来激活conda环境在shell中工作正常,但在shell脚本中却存在问题.有人能为我指出正确的方向的原因吗？
重复该问题的示例：
# default conda env
$conda info|egrep "conda version|active environment"
active environment : base
conda version : 4.6.9
# activate new env to prove that it works
$conda activate scratch
$conda info|egrep "conda version|active environment"
active environment : scratch
conda version : 4.6.9
# revert back to my original conda env
$conda activate base
$cat shell_script.sh
#!/bin/bash
conda activate scratch
# run shell script - this will produce an error even though it succeeded above
$./shell_script.sh
CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell,run
$conda init <SHELL_NAME>
Currently supported shells are:
- bash
- fish
- tcsh
- xonsh
- zsh
- powershell
See 'conda init --help' for more information and options.
IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.
有关此内容的更多讨论,请参见GitHub上的official conda issue.
编辑：更多研究告诉我,错误消息中提到的conda init函数实际上是v4.6.0的新功能,它允许快速设置环境,以便您可以使用conda激活而不是旧的源激活.但是,这样做的原因是它添加/更改了当前shell的几个环境变量,并且还更改了RC文件(例如：.bashrc),并且RC文件的更改从未在当前shell中被获取-仅在新创建的壳. (除非您当然再次提供.bashrc).实际上,conda init –help可以这么说：
IMPORTANT: After running
conda init,most shells will need to be closed and restarted for changes to take effect
但是,您显然已经在运行conda init,因为您可以交互使用conda激活.实际上,如果打开.bashrc,则应该可以看到conda教您的shell在哪里寻找conda命令,从而增加了几行内容.但是,脚本的问题在于,.bashrc不是由运行shell脚本的子shell来提供的(有关更多信息,请参见this answer).这意味着,即使您非登录交互式shell看到conda命令,您的非交互式脚本子shell也不会-不管您调用conda init多少次.
这就导致了一个猜想(我自己在Linux上没有conda,所以我无法对其进行测试),可以通过这样运行脚本来实现：
bash -i shell_script.sh
您应该看到conda激活工作正常.为什么？ -i是一个bash标志,告诉外壳程序您将开始以交互方式运行,这意味着它将自动获取您的.bashrc.这应该足以使您能够像正常使用一样在脚本中使用conda.