我已经下载了包含
dolphins social network的gml文件.
前段时间我对在Windows7机器上运行python 3.4和networkx 1.9的网络进行了一些分析,但现在我在Arch linux机器上运行(使用相同版本的python但使用networkx 1.10)并且在尝试时遇到问题读取文件.
import networkx as nx
nx.read_gml("dolphins.gml")
这是错误的堆栈跟踪：
Traceback (most recent call last): File "<stdin>",line 1,in <module> File "<string>",line 2,in read_gml File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/utils/decorators.py",line 220,in _open_file result = func(*new_args,**kwargs) File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py",line 210,in read_gml G = parse_gml_lines(filter_lines(path),label,destringizer) File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py",line 383,in parse_gml_lines graph = parse_graph() File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py",line 372,in parse_graph curr_token,dct = parse_kv(next(tokens)) File "/usr/lib/python3.4/site-packages/networkx/readwrite/gml.py",line 323,in tokenize (line[pos:],lineno + 1,pos + 1)) networkx.exception.NetworkXError: cannot tokenize 'graph' at (1,1)
你能读懂这个文件吗？有人经历过类似的问题吗？或者知道是什么产生错误？
先感谢您！
解决方法
在较新版本的networkx中,gml文件应遵循更具体的格式. dolphins.gml的问题是在开放方括号之前不应该有任何回车符.例如：
格式错误：
graph
[
directed 0
node
[
id 0
label "Beak"
]
.
.
.
格式正确：
graph [
directed 0
node [
id 0
label "Beak"
]
.
.
.
它不关心在方括号之前有多少空格,只要有多个空格并且没有回车符.
我最终做的是使用正则表达式摆脱开头方括号前的空格.以下正则表达式对我有用：
\s+\[
并用“[”替换它.在括号前必须至少有一个空格.
另请注意,每个节点都必须具有唯一标签.
希望它有所帮助.