我想使用R将具有非唯一rownames的表中的数值数据汇总到具有唯一行名的结果表,其中值使用自定义函数进行汇总.摘要逻辑是：如果最大值与最小值的比率<1,则使用值的均值. 1.5,否则使用中位数.因为表非常大,我试图在
reshape2包中使用melt()和cast()函数.
@H_403_1@# example table with non-unique row-names
tab <- data.frame(gene=rep(letters[1:3],each=3),s1=runif(9),s2=runif(9))
# melt
tab.melt <- melt(tab,id=1)
# function to summarize with logic: mean if max/min < 1.5,else median
summarize <- function(x){ifelse(max(x)/min(x)<1.5,mean(x),median(x))}
# cast with summarized values
dcast(tab.melt,gene~variable,summarize)
@H_403_1@Error in vapply(indices,fun,.default) :
values must be type 'logical',but FUN(X[[1]]) result is type 'double'
In addition: Warning messages:
1: In max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf
我究竟做错了什么？请注意,如果汇总函数只返回min()或max(),则没有错误,尽管有关于“no non-missing arguments”的警告消息.谢谢你的任何建议.
(我想要使用的实际表格是200×10000.)
简答：提供填写值如下
acast(tab.melt,summarize,fill = 0)
acast(tab.melt,summarize,fill = 0)
答案很长：
看来你的函数在被传递到vaggregate函数中的vapply之前被包装如下(dcast调用cast调用vaggregate调用vapply)：
要找出.default应该是什么,执行此代码
@H_403_1@if (is.null(.default)) { .default <- .fun(.value[0]) }即.value [0]传递给函数.当x为数字(0)时,min(x)或max(x)返回Inf或-Inf.但是,max(x)/ min(x)返回具有类逻辑的NaN.所以当执行vapply时
@H_403_1@vapply(indices,.default)如果默认值为class logical(由vapply用作模板),则该函数在开始返回双精度时失败.
