任务是创建一个文件(字,rtf,pdf,html或其他),将捕获R的输出(例如:不是创建输出的代码)到该格式(包括文本和图像)中。
这样做的方式应该尽可能少地改变原来的R脚本。
如果我只关心文本或图像,那么我将使用?sink或?pdf。但是我不知道如何以简单的方式把这两个组合成一个输出。
我知道有一种方法可以到export R output using r2wd,但是它涉及到过多的原始代码的奖牌,我的品位(我认为同样的情况下,为了解决困难,尽管我没有经验告诉)
以下是未来示例的示例代码:
START.text.and.image.recording("output.file") # this is the function I am looking for x <- rnorm(100) y <- jitter(x) print(summary(x)) print(head(data.frame(x,y))) cor(x,y) plot(x,y) print(summary(lm(y~x))) STOP.text.and.image.recording("output.file") # this is the function I am looking for
更新:我被问到方式不是Sweave,或其他选项从ReproducibleResearch task view。
原因是:
>我还不知道LaTeX
>即使知道LaTeX,我想要一些简单的默认值,只需将所有输出转储到一起,并按顺序排列。 “简单”意味着尽可能少的额外的代码/文件管理开销。
我明白,像比赛或酿造这样的东西比较可扩展,但是我正在寻找一个更小的项目/脚本的“简单”解决方案。
解决方法
截至2012年,knitr为此问题提供了完美的解决方案。
例如,创建一个扩展名为rmd的文件。用几个命令包装你的代码,如下所示:
```{r} x <- rnorm(100) y <- jitter(x) print(summary(x)) print(head(data.frame(x,y) print(summary(lm(y~x))) ```
您可以通过多种方式将其转换为独立的HTML文件。在RStudio中,您只需按一个单一的按钮编织HTML。
这是HTML file produced;要实际查看HTML在浏览器中的显示方式,请保存文件并将其打开。
这是我创建的另外几个例子:
> Getting started with R Markdown
> Case study in using R Markdown