由于本身对java一点也不了解，所以我不知道这种做法是否会造成什么问题，但至少实现了重启的功能。

在AppActivity.java中加入如下代码：

//自动启动
public static void restartApp()
{
	AppActivity.sContext.restart();
}
public void restart()
{
	finish();
	Intent i = getBaseContext().getPackageManager().getLaunchIntentForPackage(getBaseContext().getPackageName());  
	i.addFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_CLEAR_TOP);  
	startActivity(i);
	android.os.Process.killProcess(android.os.Process.myPid());
}

现在需要在cpp中调用restartAPP函数：

JniMethodInfo method;

bool b = cocos2d::JniHelper::getStaticMethodInfo(method,"org.cocos2dx.cpp.AppActivity","restartAPP","()V");
if(b)
{
	method.env->CallStaticVoidMethod(method.classID,method.methodID);
	method.env->DeleteLocalRef(method.classID);
}

#include "platform/android/jni/JniHelper.h"