inputFile.txt制表符分隔文本文件
header 62 9 3 54 6 1 25 1 2 3 4 5 6 96 1 1 1 1 0 1 72 3 3 3 3 3 3 18 0 1 0 1 1 0 82 1 0 0 0 0 1 77 1 0 1 0 1 1 15 7 7 7 7 7 7 82 0 0 1 1 1 0 37 0 1 0 0 1 0 18 0 1 0 0 1 0 53 0 0 1 0 0 0 57 1 1 1 1 1 1
subsetCols.txt逗号分隔，没有空格，一行，数字排序。在实际数据中，我们有500K列，需要子集〜10K。
1,4,6
subsetRows.txt逗号分隔，没有空格，一行，数字排序。在实际数据中，我们有20K行，需要约〜300个子集。
1,3,7
使用切割和awk循环的当前解决方案(Related post: Select rows using awk)：
# define vars
fileInput=inputFile.txt
fileRows=subsetRows.txt
fileCols=subsetCols.txt
fileOutput=result.txt
# cut columns and awk rows
cut -f2- $fileInput | cut -f`cat $fileCols` | sed '1d' | awk -v s=`cat $fileRows` 'BEGIN{split(s,a,","); for (i in a) b[a[i]]} NR in b' > $fileOutput
1 4 6 3 3 3 7 7 7
题：
该解决方案适用于小文件，较大的文件为50K行和200K列，占用时间过长，15分钟加，仍在运行。我认为切割列可以正常运行，选择行是慢的。
有什么更好的方法吗
实际输入文件信息：
# $fileInput: # Rows = 20127 # Cols = 533633 # Size = 31 GB # $fileCols: 12000 comma separated col numbers # $fileRows: 300 comma separated row numbers
有关该文件的更多信息：文件包含GWAS基因型数据。每行代表样本(个体)，每列代表SNP.对于进一步的基于区域的分析，我们需要子集样本(行)和SNP(列)，以使数据更易于管理(小)作为其他统计软件的输入，如r 。
系统：
$ uname -a Linux nYYY-XXXX ZZZ Tue Dec 18 17:22:54 CST 2012 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
更新：@JamesBrown下面提供的解决方案是在我的系统中混合列的顺序，因为我使用不同版本的awk，我的版本是：GNU Awk 3.1.7
Awk: North Korea. Stubbornly resists change,and its users appear to be unnaturally fond of it for reasons we can only speculate on.
…每当你看到自己的管道sed，切，grep，awk等，停止并对自己说：awk可以使它一个人！
所以在这种情况下，这是一个提取行和列的问题(调整它们以排除头部和第一列)，然后缓冲输出以最终打印出来。
awk -v cols="1 4 6" -v rows="1 3 7" '
BEGIN{
split(cols,c); for (i in c) col[c[i]] # extract cols to print
split(rows,r); for (i in r) row[r[i]] # extract rows to print
}
(NR-1 in row){
for (i=2;i<=NF;i++)
(i-1) in col && line=(line ? line OFS $i : $i); # pick columns
print line; line="" # print them
}' file
使用您的示例文件：
$ awk -v cols="1 4 6" -v rows="1 3 7" 'BEGIN{split(cols,c); for (i in c) col[c[i]]; split(rows,r); for (i in r) row[r[i]]} (NR-1 in row){for (i=2;i<=NF;i++) (i-1) in col && line=(line ? line OFS $i : $i); print line; line=""}' file
1 4 6
3 3 3
7 7 7
将您的示例文件和输入作为变量，以逗号分隔：
awk -v cols="$(<$fileCols)" -v rows="$(<$fileRows)" 'BEGIN{split(cols,c,/,/); for (i in c) col[c[i]]; split(rows,r,/); for (i in r) row[r[i]]} (NR-1 in row){for (i=2;i<=NF;i++) (i-1) in col && line=(line ? line OFS $i : $i); print line; line=""}' $fileInput
我相信这会更快。例如，您可以检查Remove duplicates from text file based on second text file的一些基准，比较awk与grep等的性能。
最好，金正恩
