使用knitr/rmarkdown突出显示bash代码

我正在尝试使用RStudio,R Markdown和knitr生成HTML报告.在报告中我想显示一些bash代码.我不想运行代码,但我希望它能够突出显示.

它已在another question中提到,但那里的建议对我不起作用.这是我到目前为止所尝试的内容：

---
title: "bash highlighting?"
output: html_document
---
```{r,engine = 'bash',eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

```{bash,eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

这些都没有让我在HTML文档中突出显示.我知道这是可能的,因为我记得在大约一周前的某个地方看到它,但我再也找不到它了！有谁知道我怎么能实现它？

谢谢阅读,

汤姆

编辑：我刚刚找到this answer,建议在.Rmd中使用以下代码块

<link rel="stylesheet" href="http://yandex.st/highlightjs/7.3/styles/default.min.css">
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.0/jquery.min.js"></script>
<script src="http://yandex.st/highlightjs/7.3/highlight.min.js"></script>
<script>
$(document).ready(function() {
  $('pre code').each(function(i,e) {hljs.highlightBlock(e)});
});
</script>

这适用于文档中的bash代码,但会杀死R代码的突出显示！

## R version 3.2.0 (2015-04-16)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 14.04.2 LTS
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_AU.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_AU.UTF-8        LC_COLLATE=en_AU.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_AU.UTF-8    LC_MESSAGES=en_AU.UTF-8   
##  [7] LC_PAPER=en_AU.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_AU.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
## [1] formatR_1.2     tools_3.2.0     htmltools_0.2.6 yaml_2.1.13    
## [5] rmarkdown_0.5.1 knitr_1.10      stringr_0.6.2   digest_0.6.8   
## [9] evaluate_0.7

默认语法突出显示主题不适用于非R代码块,您可以使用其他主题,例如Pygments来做

---
title: "Bash Highlighting"
output:
  html_document:
    highlight: pygments
---

```{r,eval = FALSE}
for foo in (ls bar)
do
  echo $foo
done
```

使用knitr/rmarkdown突出显示bash代码

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