我正在使用Perl生成一个独特的外显子列表(它是基因的单位).
chr1 1000 2000 gene1
chr1 3000 4000 gene2
chr1 5000 6000 gene3
chr1 1000 2000 gene4
位置1是染色体,位置2是外显子的起始坐标,位置3是外显子的结束坐标,位置4是基因名称.
因为基因通常由外显子的不同排列构成,所以在多个基因中具有相同的外显子(参见第一组和第四组).我想删除这些“重复” – 即删除gene1或gene4(不重要的是哪一个被删除).
我把头撞在墙上好几个小时试图做(我认为)这是一项简单的任务.有人能指出我正确的方向吗？我知道人们经常使用哈希来删除重复的元素,但这些并不完全重复(因为基因名称不同).重要的是我也不要丢失基因名称.否则这会更简单.
这是我尝试过的完全无功能的循环. “外显子”数组将每一行存储为标量,因此子程序.不要笑.我知道它不起作用,但至少你可以看到(我希望)我正在尝试做的事情：
for (my $i = 0; $i < scalar @exons; $i++) {
my @temp_line = line_splitter($exons[$i]); # runs subroutine turning scalar into array
for (my $j = 0; $j < scalar @exons_dup; $j++) {
my @inner_temp_line = line_splitter($exons_dup[$j]); # runs subroutine turning scalar into array
unless (($temp_line[1] == $inner_temp_line[1]) && # this loop ensures that the the loop
($temp_line[3] eq $inner_temp_line[3])) { # below skips the identical lines
if (($temp_line[1] == $inner_temp_line[1]) && # if the coordinates are the same
($temp_line[2] == $inner_temp_line[2])) { # between the comparisons
splice(@exons,$i,1); # delete the first one
}
}
}
}
解决方法
my @exons = (
'chr1 1000 2000 gene1','chr1 3000 4000 gene2','chr1 5000 6000 gene3','chr1 1000 2000 gene4'
);
my %unique_exons = map {
my ($chro,$scoor,$ecoor,$gene) = (split(/\s+/,$_));
"$chro $scoor $ecoor" => $gene
} @exons;
print "$_ $unique_exons{$_} \n" for keys %unique_exons;
这将为您提供独特性,并将包含最后一个基因名称.这导致：
chr1 1000 2000 gene4 chr1 5000 6000 gene3 chr1 3000 4000 gene2